Zákon vymezuje zvláštní druhy dluhopisů, které musí být takto označeny a mají specifické podmínky podle toho, o jaký druh dluhopisu se jedná. Mezi zvláštní druhy dluhopisů se řadí:

Státní dluhopisy emituje Ministerstvo financí ČR na základě zákona o dluhopisech, zákona o státním dluhopisovém programu nebo i na základě jiného zákona, který pověřuje ministerstvo vydat státní dluhopisy. Vláda ČR je povinna předložit Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR stanovisko ČNB (České národní banky) k vládnímu návrhu zákona o státním dluhopisovém programu nebo návrhu jiného zákona, kterým je Ministerstvo financí ČR pověřeno vydat státní dluhopisy (popř. mu jiný zákon umožňuje vydat státní dluhopisy). Velmi likvidním státním cenným papírem jsou státní pokladniční poukázky s dobou splatnosti do 1 roku. Dále stát emituje dlouhodobé a střednědobé dluhopisy a spořící státní dluhopisy.

Komunální dluhopisy představují ve většině zemí s rozvinutou tržní ekonomikou významný zdroj financování. V České republice jsou možnosti financování prostřednictvím emise tohoto druhu cenných papírů využívané méně. Mohou však představovat významný zdroj financování zejména u finančně náročnějších investic obce (vodovody, kanalizace, komunikace, tunely a podob.).

Komunální dluhopis vydává pouze územní samosprávný celek (tj. obce, kraje nebo hlavní město Praha). Rozhodnutí o vydání komunálních dluhopisů musí být schváleno zastupitelstvem územně samosprávného celku. Emitentem komunálního dluhopisu nemůže být městský obvod, městská část územně členěného statutárního města, městská část hlavního města Prahy ani dobrovolný svazek obcí. Územní samosprávný celek musí mít k vydání komunálních dluhopisů předchozí souhlas Ministerstva financí České republiky.

Jsou dlouhodobé dluhopisy zpravidla zajištěné hypotečními úvěry. Emitenty jsou převážně banky a jejich vydávání podléhá příslušné legislativní úpravě. Tento druh dluhopisu se vyznačuje nižším úvěrovým rizikem z důvodu vyššího krytí oproti standardním dluhopisům. V České republice jej vydávají pouze banky ze zvláštních licencí a jsou kryty pohledávkami z hypotečních úvěrů.

S vyměnitelnými dluhopisy je spojeno právo na jejich výměnu za jiné dluhopisy nebo za kmenové akcie téhož emitenta. S prioritním dluhopisem je spojeno právo na jeho splacení a vyplacení výnosu dluhopisu, a také právo na přednostní upisování akcií, které emitent vydá podle zvláštního právního předpisu.

Podřízený dluhopis obsahuje klauzuli podřízenosti, kde v případě vstupu emitenta do likvidace, vydání rozhodnutí o úpadku emitenta, bude pohledávka s tímto dluhopisem spojená uspokojena až na posledním místě. Skutečnost, že jde o podřízený dluhopis, musí být viditelně vyznačena na listinném dluhopisu nebo v příslušné evidenci.